Sekretariati  është një zyre teknike e cila shërben ne formën e një mbështetje dhe asistence teknike lidhur me  çështje te ndryshme  qe lindin përgjatë veprimtarisë te KKEKSH  dhe ne veçanti te Enteve te Edukimit Katolik. Ka për qellim përmbushjen e detyrave qe i ngarkohen nga KKEKSH nen kujdesin e Koordinatorit Kombëtar ne përputhje me vizionin dhe misionin  e veprimtarisë se KEKKSH-se.

Sekretariati  është i përbërë nga Koordinatori Kombëtar për Edukimin Katolik dhe një staf teknik i përbërë prej specialistësh respektivisht ne fushat pedagogjike, juridike dhe ekonomike. Kompetencat sektoriale e tyre zhvillohen duke mbështetur rrjetin në zhvillimim pedagogjiko-didaktik, sektorin juridik, sektorin ekonomik.